Dr Josef Mengele amat berminat dengan ujikaji manusia dan baka, namun subjeknya tidak mencukupi. Walaupun begitu, peluang untuk melakukan eskperimen terhadap manusia tiba pada Mei 1943, apabila kem tumpuan di Auschwitz memerlukan seorang doktor yang berpengalaman. Beliau dengan sukarela mengambil kesempatan ini dan terus pergi ke sana.

Pada mulanya, beliau dijadikan pegawai perubatan dan ditempatkan di kem tahanan bagi kaum Gipsi. Lama kelamaan beliau dilantik sebagai ketua pegawai perubatan di kem utama di Auschwitz.

Jenayah terhadap manusia

Selama 21 bulan di Auschwitz, Mengele telah diberi jolokan "Malaikat Maut" kerana kekejamannya kepada tahanan yang ditahan di kem tersebut. Bagi kebanyakan tahanan Dr Joseflah yang akan menyambut mereka dan dengan satu lambaian tangan ke kanan atau ke kiri akan menentukan sama ada mereka akan hidup atau mati. Bagi mereka yang boleh bekerja, mereka akan diberi peluang untuk hidup. Namun bagi mereka yang lemah dan tidak berupaya, mereka akan dihantar ke kamar gas atau dijadi bahan eksperimen.

Pernah sekali Dr Josef membuat garisan setinggi 150sm (lebih kurang 5 kaki) dari lantai di blok tahanan kanak-kanak dan bagi mereka yang tidak mencapai ketinggian ini telah dihantar ke kamar gas untuk dibunuh. (Lifton, ms. 346.) Dalam satu lagi kejadian, seorang Gipsi mengadu bloknya penuh dengan kutu. Akibatnya, beliau mengarahkan kesemua tahanan di blok itu dibunuh.

Eksperimen kejam

Walaupun beliau boleh membunuh sesiapa yang beliau suka di kem tersebut, namun beliau lebih berminat dengan obsesinya iaitu kejadian baka. Dr Josef berminat melahirkan baka bangsa Aryan yang banyak dan beliau yakin pemahamannya mengenai kejadian anak kembar dapat membantunya 'melahirkan' ramai orang berbangsa Aryan dalam masa yang singkat. Antara ciri-ciri bangsa Aryan adalah berambut blond dan bermata biru. Selain itu, beliau juga ingin memahami kenapa manusia dilahirkan cacat dan subjek yang utama adalah orang yang katik atau cacat anggota. Melalui genetik beliau berharap dapat membuat manusia yang bebas daripada sebarang kecacatan.

Untuk mengambil hati anak kembar, beliau telah memberi layanan istimewa kepada mereka. Mereka ditempatkan di blok 10 yang dipanggil "The Zoo" dan mereka dikenali sebagai "anak-anak Mengele". Antara eksperimen yang ngeri termasuklah menyuntik pewarna biru ke dalam mata kanak-kanak tersebut, pembedahan anggota badan dan sebagainya.

Selain itu, beliau menjalankan ujikaji untuk mereka bentuk peralatan yang sesuai bagi tentera Jerman yang menghadapi kesejukan atau altitud tinggi. Antara lain subjeknya dimasukkan ke dalam air berais dalam keadaan telanjang untuk melihat suhu terendah yang mereka boleh tahan. Satu lagi eksperimen ialah meletakkan tahanan di dalam bilik tekanan tinggi. Ramai tahanan akan cuba membunuh diri dalam kamar tersebut kerana enggan mati dalam keadaan yang lebih menyakitkan akibat tekanan tinggi seperti kesukaran bernafas dan paru-paru yang pecah.